根据PLC系统硬件结构和生产工艺要求，采用相应的编程语言指令，编制实际控制程序并形成软件使用说明书的过程就是控制系统的程序设计。PLC应用系统的程序设计流程图如图5-1所示。
图5-1 PLC应用系统的程序设计流程图
1．制定设备运行方案
制定方案就是根据生产工艺的要求，分析各I/O点与各种操作之间的逻辑关系，确定需检测量和控制方法，并设计出系统中各设备的操作内容和操作顺序。据此便可画出顺控图。
2．画顺序控制功能图
对于较复杂的应用系统，需要绘制顺序控制功能图（简称顺控图），以清楚地表明动作的顺序和条件。对于简单的控制系统可以省略。
3．制定系统的抗干扰措施
根据现场工作环境、干扰源的性质等因素，综合制定系统的硬件和软件抗干扰措施，如硬件上的电源隔离、信号滤波，软件上的平均值滤波等。
4．编写程序
根据被控对象的I/O信号及所选定的PLC型号分配PLC的硬件资源，为梯形图的各种继电器或触点进行编号，再按照控制要求编写梯形图。
5．软件初步调试
为了及时发现和消除程序中的错误和缺陷，减少系统现场调试的工作量，要对系统程序进行离线调试。调试时应注意的问题是：①程序能否按设计要求运行；②各种必要的功能是否具备；③发生意外事故时能否做出正确的响应；④对现场干扰等环境因素适应能力如何。
经调试、排错和修改后，程序基本正确后就可以到控制现场试运行，进一步查看系统的整体效果，使其进一步完善。经过一段时间的试运行，达到了设计要求，就可将程序固化到EPROM或EEPROM芯片中正式投入使用。
6．编写程序使用说明书
当一项软件工程完成后，为了便于用户和现场操作人员的使用，应对所编写的程序进行说明，通常程序使用说明书应包括程序设计的依据、结构、功能、顺控图，各项功能单元的分析，PLC的I/O信号，软件程序操作使用的步骤、注意事项，对程序中需要测试的必要环节可进行注释。
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