太阳能热水器置于搂顶，风吹、日晒、雨淋，其正常工作除与安装质量相关外，还与长期经受自然气候、使用频率密不可分，如果忽视了它的质量和定期的维护保养，会造成水源污染，对用户的健康埋下隐患。
由于太阳能热水器的水源是经过储水箱的储存及热能转换后成为热水供给用户，所以热水器的内外质量是影响使用卫生的关键。太阳能热水器水箱有采用铝、铝合金、不锈钢、石英玻璃等材料制成，不锈钢优于铝材、角铁、彩钢等材料，储水质量和保温性能较好，不易出现水垢、锈迹。太阳能热水属于二次储水，即将自来水储蓄一段时间后才使用。通常，城市的自来水，都是经过严格净化处理和消毒的，水质符合我国《生活饮用水标准》，但是，自来水从水厂输出经输水管网再到用户的过程中，有可能再次受到污染。例如输水管、水箱的内壁与生活用水接触密切，其内壁涂料的质量会壹接影响到水质，如果太阳能储水箱密封不严，铝或铁制的水箱内易生锈、生藻，使其含有水溶性的有毒成分，甚至具有致癌性成分溶入水中，就造成了对水质的污染。
太阳能热水器使用塑料输水管道输送热水，因此输水管必须耐高温，耐严寒、耐老化、无毒无味。然而许多不法生产企业甚至用工业、生活的废脚料生产输水管。管道中的有机物经加温后会释放并溶解于水中，如残留的二氯乙烷可通过皮肤和食道进入人体内，短期接触刺激眼睛皮肤和呼吸道，可能对中枢神经系统及肺部造成危害，长期或反复接触可能引起皮炎，可能对肝、肾和黏膜发生作用，其残留的氯乙烯短期接触会刺激眼睛，长期或反复接触可能对肝、血管和结缔组织发生作用，引发慢性疾病。
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