控制系统里面的漏洞，特别是硬件和嵌入式软件所存在的漏洞很少有人去分析。控制系统一般与外界隔离，系统软、硬件错误和漏洞不为外人所知，它的数据流、信息流、业务流及其处理流程，普通用户也无法理解和获知。编写控制系统软件和通用软件完全不一样，除非有些系统要按安全系统的标准规范来编写，其他只要功能实现就可以，没有人去关心、也不清楚里面有没有漏洞。只有熟知控制系统各功能块原理、控制方案、数据流程、组态软件等的参与者，才可能发现和利用漏洞。如前面所提的Stuxnet病毒的制造过程，可能就有对相关系统非常熟悉的人参与。
工业控制系统潜在的管理与程序漏洞有很多，如系统本身缺乏安全架构和设计，没有具体或者书面的安全程序，没有存在缺陷工业控制系统设备的安全实施准则，缺乏对行政执法的安全机制，很少有工业控制系统安全审核，没有工业控制系统安全事故与灾难恢复机制与计划，以及缺乏工业控制系统的具体配置变更管理。实际上还存在潜在的芯片与硬件漏洞。
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